「恐龍演化成鳥」的理論成立嗎？若成立，我們能說「恐龍並未滅絕」嗎？
八零年代，最早在電視上看到古生物學家推銷「恐龍並未滅絕」，只是「變成鳥」的理論，
到了九零年代，竟然真的在中國遼寧省出土大量「帶有習毛」的恐龍。
心中一直有個大疑惑。請問，「恐龍變鳥」的理論，到底確立了沒有？
若是恐龍真的變成鳥了，那麽我們能不能說「恐龍並未滅絕」的定論？有人拿「物種不同」來解釋，說恐龍當然是滅絕了，因為不存於世。
請問在演化的結果下，一個物種演化了，比如說早期的智人，我們會說「早期智人滅絕嗎？」
希望有真正的生物學專家解惑。
題主的問題，包含兩個子問題：
一，鳥類是不是恐龍演化而來？
二，如果鳥類是恐龍演化而來，那麼能不能說「恐龍已經滅絕」了？
第一個問題，目前學界的主流看法是，是，鳥類是由恐龍演化而來，具體地說，是由獸腳類恐龍的一支演化而來。當然，也有少數人持不同看法，也不排除以後有別的新發現推翻這種說法的可能，但是目前來說，就現有的證據，學界的主流看法是認為鳥類由恐龍演化而來。
具體的證據可以看看維基百科相關頁面，我轉載附在本文末尾了。
第二個問題我想詳細講講，因為這涉及到定義和分類原則的問題。有些遺憾的是，一般民眾心目中的概念，或者說咱們中學學的那些知識，跟生物學領域的新認識已經相去甚遠了。
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動物的分類，咱們中學是這麼學的，有門、綱、目、科、屬、種這六級，其中脊索動物門下面的脊椎動物亞門分為魚綱、兩棲綱、爬行綱、鳥綱、哺乳綱等若干個綱。
隨著人類認識的不斷深入，這種分類已經不足以反映生物之間關係的親疏遠近關係。現在講究一個 monophyletic group 的概念，又叫 clade，中文叫單系群。一個單系群中包含一個共同的祖先及這個共同祖先的所有後代。
與之對應的，有 paraphyletic group（側系群，也譯作並系群、旁系群）和 polyphyletic group（多系群）。
側系群，此群中包含了共同祖先及其一部分後代，但未包含此共同祖先的所有後代。
多系群，此群中不包含該群中的所有成員的共同祖先。
打個比方，小明的爸爸有且僅有三個孩子，老大叫大毛，老二叫二毛。（提問：老三叫什麼？）
爸爸、大毛、二毛、小明，這四個人在一起，就構成一個單系群。爸爸是共同祖先，這個共同祖先的所有後代，三個孩子，都包括在此群中了。
爸爸、大毛、二毛，這三個人是一個側系群，有共同祖先爸爸，但沒有包括此共同祖先的所有後代，沒有包括小明。
大毛、二毛、小明，這三個人是一個多系群，此群中不包含該群中的所有成員的共同祖先爸爸。
下面是維基百科上的例圖，依次是單系群、側系群和多系群。
總之，現在生物學家希望盡量能夠按照單系群來分類，保證每個類別都是一個單系群。以前的分類，有許多類別實際上是側系群和多系群。
這種根據演化樹分支的順序來排列物種的分類法叫做親緣分支分類學，又叫種系發生系統學。現代的系統學研究會收集各方面的資料，包括 DNA 序列、生化數據和形態學上的數據等。
為了準確表達物種之間親疏遠近的關係，原來的六級分類是遠遠不夠的。所以又有什麼總綱、超目、下目、亞科、族等等名目，但還是不太夠……
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根據種系發生學的分類，下面是恐龍及其相關的生物的分類表，這是一個極其簡化的表，省略了很多中間層次。
在生物學上，只有恐龍總目（Dinosauria）及其下屬的物種才是恐龍（dinosaur）。
天上飛的翼手龍（pterosaur），水裡游的魚龍（ichthyosaur）和蛇頸龍（plesiosaur），其實都不屬於恐龍。
翼手龍和恐龍的關係還算相對比較近，蛇頸龍和恐龍的關係就非常遠，魚龍更遠，這兩者都比恐龍與鱷魚的關係還遠。
蜥蜴和鱷魚的關係，比鱷魚和恐龍的關係還遠。
恐龍分為蜥臀目和鳥臀目，然而鳥類並不是由鳥臀目演化而來，而是由蜥臀目中的一支演化而來，具體地說，是由蜥臀目中的獸腳類恐龍的一支演化而來。
上面是生物學家的分類。那普通民眾眼中呢？
大眾的認識恐怕是這樣的：魚龍、蛇頸龍、翼龍屬於恐龍，蜥蜴、鱷魚、鳥不屬於恐龍。說白了，就是現在存活的不屬於恐龍，已經滅絕的就屬於恐龍……
如果滅絕了的才叫恐龍，那恐龍當然都滅絕了，這不是循環論證嘛……
大眾的認識，和生物學以前的傳統分類當然也不無關係。傳統的分類常常出現側系群和多系群，比如爬行綱、鳥綱這樣的分類，爬行綱就不是單系群，它沒有包括一個共同祖先的所有後代。
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為什麼要講這個種系發生學的分類原則，就是因為：
在有這個原則之前，即使鳥是由恐龍演化而來，也可以不認為鳥類屬於恐龍，比如以前人們認為兩棲類是由魚類演化而來，爬行類是由兩棲類演化而來，而魚類、兩棲類、爬行類都屬於不同的類，並不互相隸屬。
然而按照種系發生學的分類原則，如果鳥是由恐龍演化而來，鳥是恐龍的後代，那麼鳥就應該屬於恐龍。
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種系發生學的分類在理論上雖然更合理，但在實踐中有時不是很方便。比如我就是想聊聊那些已經滅絕了的史前爬行動物，我應該怎麼說呢？我就想說說恐龍總目中非鳥類的那些，我該怎麼說呢？維基上用的是「non-avian dinosaurs」（非鳥類的恐龍），多麼拗口費勁的辭彙啊……
這反映出科學術語與日常用語之間的矛盾。在科學上，隨著人們不斷做出新的發現，修改論述和定義是常有的事，一個生物可以今天屬於這一類，明天屬於那一類。但是日常用語不可能跟著那麼快地改變。科學家做出了新發現，我說了幾十年的話就得跟著改嗎？我就想用一個詞概括這個分類的某些物種和那個分類的某些物種的混雜集合，不行嗎？
類似的問題，比如經常有人說「鯨魚」，接著就會有人糾正說「鯨不是魚」。可是誰規定漢語的「魚」一定得是「用鰓呼吸的冷血脊椎動物」？老祖宗造字的時候，恐怕更多的是類似「生活在水裡，體型有點像紡錘的動物」這樣的想法吧……按這個定義，鯨當然是魚……
即使在生物學界，也還有大量的分類遺留著側系群、多系群的問題，沒來得及都改成單系群的分類。真的都按單系群分類，起名字還是個嚴重的負擔呢……
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總之，關於恐龍與鳥這個問題，嚴謹的說法應該是：「恐龍中有一支變成了鳥，其他都滅絕了。」（忽然發現這句話讀起來可能有歧義，得注意是「一支」不是「一隻」……）
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順便說一下另一個關於恐龍的誤解：大眾一般以為恐龍是行動遲緩的冷血動物，然而近些年的研究表明，恐龍可能是活躍的溫血動物。
註：對國內學界的觀點不了解，以上所說的都可在維基百科相關頁面找到根據，恕不一一註明了。英文維基一般會標明可查證的專業文獻來源，所以還是相對比較可信的。中文維基的有些條目是直接從英文翻譯過來的，也比較可信。關於恐龍的紀錄片，似乎一般都推崇 BBC 的 Walking With Dinosaurs，這片是在我硬碟里捨不得刪的那種，唉，拍得太虐心了，雖然一開始就知道結局是悲劇，但還是會被虐到，編劇心太狠了……
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下面是轉載自中文維基的恐龍條目，鳥類起源部分（http://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%81%90%E9%BE%8D%E7%B8%BD%E7%9B%AE#.E8.88.87.E9.B3.A5.E9.A1.9E.E7.9A.84.E9.97.9C.E4.BF.82）：
恐龍可能是鳥類祖先的理論，是在1868年由湯瑪斯·亨利·赫胥黎（Thomas Henry Huxley）首次提出[94]。在20世紀早期，格哈德·海爾曼（Gerhard Heilmann）出版了一本書，《鳥類起源》（The Origin of Birds）。海爾曼根據恐龍缺乏叉骨（接合的鎖骨），而認為鳥類與恐龍間沒有關係，他進而假設鳥類演化自鱷形超目或槽齒目的祖先，而非恐龍[95]。後來發現的恐龍化石則發現了鎖骨或叉骨[25]，例如1924年發現的偷蛋龍，但在當時被誤認為是間鎖骨[96]。在1970年代，約翰·奧斯特倫姆（John Ostrom）重新提出鳥類演化自恐龍的理論[97]。隨者這幾十年來親緣分支分類法研究的增加，以及更多小型獸腳類恐龍與早期鳥類的發現[16]，這個理論得到更多的支持[98]。其中最重要的是發現於義縣組的有羽毛恐龍化石，已發現過多種不同型態的羽毛[25]。鳥類與獸腳類恐龍具有上百個共同的生理特徵，它們目前被普遍認為是近親[99]。鳥類與手盜龍類的關係更為親近[25]。少數科學家則提出不同的演化途徑，例如艾倫·費都加（Alan Feduccia）與賴瑞·馬丁（Larry Martin），他們提出類似海爾曼的鳥類演化自原始主龍類假設[100]，或是鳥類起源於手盜龍類，但手盜龍類並非恐龍，而是與恐龍的趨同演化結果[101]。
有羽毛恐龍
著名的印石板始祖鳥標本，位於德國。
始祖鳥發現於1861年的德國南部，是第一個所謂的「有羽毛恐龍」。這個標本出土於索倫霍芬石灰岩礦床，這個地層因為挖出了許多狀態極良好的化石而著名。始祖鳥是個過渡化石，明顯具有現代爬蟲類與鳥類的中間特徵。而就在兩年前，查爾斯·達爾文（Charles Robert Darwin）發表了《物種起源》（The Origin of Species）一書，始祖鳥的發現使得演化論與創造論的爭論更為激烈。這種早期鳥類非常像恐龍，至少有一個標本，因為周圍沒有明確的羽毛痕迹，而被誤認為是美頜龍[102]。
90年代以來，發現了更多的有羽毛恐龍，為恐龍與鳥類的關係提供了更多的證據。大部分的新標本被發現於中國遼寧省的義縣組，該地在白堊紀的時候，屬於一個小型大陸。雖然有羽毛恐龍僅發現於少數地區，但有可能當時全球各地都出現了有羽毛恐龍。各地的化石紀錄很少羽毛痕迹與有羽毛恐龍，可能是因為在化石化的過程中，羽毛與皮膚等脆弱部份，很難被保留下來。原始的羽毛細而缺乏羽枝，已出現在原始的虛骨龍類恐龍，例如美頜龍科的中華龍鳥，與暴龍超科的帝龍[103]，而有羽枝的羽毛出現在虛骨龍類的手盜龍類，例如：偷蛋龍下目、傷齒龍科、馳龍科、以及鳥類[25][104]。但是，有羽毛恐龍本身也有一些爭議，其中最重要的是艾倫·費都加（Alan Feduccia）與蒂綱·索拉（Theagarten Lingham-Soliar）所提出的，他們指出這些看起來是原始羽毛的物體，其實是膠原纖維腐化而成的，這些膠原纖維在身前位於恐龍外表覆蓋物之下[105][106][107]。他們並提出手盜龍類都不是恐龍，而是與恐龍平行演化的結果[101][106]。但他們的大部分意見不被其他研究人員所接受[108]。
骨骸
因為羽毛被認為與鳥類有關聯，有羽毛恐龍被視為是恐龍與鳥類之間的失落環節。除此之外，恐龍與鳥類之間還有許多骨骼上的共同特徵，例如：頸部、恥骨、腕骨、手臂、肩帶、叉骨、以及龍骨。藉由親緣分支分類法研究，兩者之間的共同骨骼特徵，加強了恐龍與鳥類的關係與連結。
氣腔龍的各部位骨頭，呈現許多空洞空間
軟組織
根據俄亥俄大學的古生物學家派崔克·歐康納的研究，大型肉食性恐龍具有複雜的空腔，類似現代鳥類的氣囊。這些腳踝類似鳥類的二足獸腳類恐龍，其肺臟可將空氣送往骨頭內的空腔，如同現代鳥類。氣囊過去被認為是鳥類的專有特徵，但目前已發現某些恐龍具有類似的氣囊系統[109]。在2008年7月份的《公共科學圖書館·綜合》（PLoS One）雜誌中，科學家宣稱發現一種新恐龍，氣腔龍，具有類似鳥類的呼吸系統。電腦斷層掃描顯示氣腔龍骨頭的內部具有中空空間[110][111]。
恐龍與鳥類有接近親緣關係的另一個證據則是沙囊石頭。這些動物會吞食石頭以協助消化，並磨碎胃中的食物與堅硬纖維。發現於化石中的沙囊石頭，被稱為胃石[112]。
繁殖
一個近幾年發現的暴龍化石，其腿部骨頭被發現有骨髓骨。這被視為恐龍與鳥類演化自共同祖先的證據，也是首個可鑒定出性別的恐龍化石。雌性鳥類在產卵時，四肢骨頭的外部骨質與骨髓之間會產生一種特殊骨層，稱為骨髓骨（Medullary bone）。骨髓骨富含鈣，只存在於鳥類體內，可在產卵期用來製造蛋殼[113]。目前已在獸腳亞目的暴龍與異特龍、以及鳥腳下目的腱龍化石上發現骨髓骨。因為這三者與鳥類的所屬支系，在相當早的時候就已分開演化，因此可推論恐龍普遍會製造骨髓組織。由於曾在亞成年體化石發現過骨髓骨，這顯示恐龍達到性成熟的時間很快[114]。
行為證據
一個近年發現的傷齒龍科化石，顯示它們睡覺時，頭部塞在手臂內側，類似某些現代鳥類[115]。這種睡姿可使頭部保持溫暖，是現代鳥類的特徵之一。
現階段對於這個問題的回答會很有意思。。
主流理論，也即「鳥類是恐龍」（確切的說，是「鳥類是蜥臀類分支下的獸腳類分支下的手盜龍類分支下的鳥翼類下的一個冠群」）這個命題現在已經非常的硬了，硬到什麼程度我稍後再談，先主要說說反對者的觀點和論據。
####先解釋幾個名詞####
主龍類：指蜥形綱（「爬行動物"）下的一個優勢類群，現存核心成員包括鳥類和鱷類，龜鱉類可能為其基部外群；恐龍屬於該類群。其他現存爬行動物（蜥蜴，蜥蜴和蜥蜴）屬於蜥形綱下另一優勢類群「鱗龍類」。
恐龍：主龍類下一個優勢類群，主要包括鳥臀類（鳥類不在這邊！）和蜥臀類（鳥類在這邊！）兩個大分支。前者主要包括裝甲類（劍龍，甲龍）和新鳥臀類（角龍，鴨嘴龍）兩個冠群；後者主要包括獸腳類（各種掠食性恐龍，比如暴龍和雞啥的）和蜥腳類（長脖子大個）兩個冠群。更新：關於鳥臀類和蜥臀類的系統結構最近出現了爭議（腰帶分類法終於要修正了么。。），此處先暫且擱置。
手盜龍類：獸腳類下的一個優勢類群，核心成員一般至少包括馳龍類，傷齒龍類和鳥類；偷蛋龍類，鐮刀龍類和阿瓦拉慈龍類也常常被一併納入討論。
至於單系群並系群多系群和系統發生學規範的問題上面的答案已經說得很清楚了。從定義上看，如果鳥類「是某種恐龍演化來的」，那鳥類天然一定是恐龍。
#####名詞解釋結束#####
現階段唯一成氣候的反對觀點基本上是認為鳥類起源於基幹主龍類，也就是說鳥類，恐龍，鱷類互成姐妹群。論據主要是幾個疑似支持鳥類與其他主幹獸腳類不同源的生理衍征和幾個鳥類特有的衍征；前者主要指牙齒替換模式/形態差異和前趾發育模式差異，後者包括疑似鳥類特有的對握後趾和腹部氣囊呼吸系統。
牙齒替換模式指的是鳥類牙齒的側窗式替換比起其他獸腳類常見的替換孔式替換更接近鱷類，同時鳥類的豆狀齒（齒冠和齒根之間收縮）也常常出現在基幹主龍類中而少見於其他獸腳類；但這一證據已被主流理論以「馳龍科的牙齒以側窗方式替換」，「豆狀齒同樣出現在鐮刀龍類、傷齒龍類和小盜龍中」的報道反擊，反而坐實了鳥類與其它手盜龍類的親密關係。
前趾發育模式的問題口頭解釋起來比較麻煩，這裡就從果殼借兩張圖來解決吧：
鴕鳥前肢的胚胎髮育
對鳥類前肢發育的觀察中，消失的是兩側的兩根手指（箭頭處，D1/D5）
A: Heterodontosaurus 畸齒龍
B: tHerrerasaurus 埃雷拉龍
C: Coelophysis 腔骨龍
D: Allosaurus 異特龍
E: Ornitholestes 嗜鳥龍
F: Archaeopteryx 始祖鳥
G: Sinornis 白堊紀反鳥類
H: Opisthocomus麝雉幼鳥
I: chicken雞
J:翼龍
而從恐龍演化序列的化石證據上看，消失的是一側的兩根手指（D4/D5）
主流理論關於這一矛盾的反擊就是結構轉移假說，也就是說發育過程中鳥類一側的三根手指移位到了那兩根即將消失的手指之間（有研究者用同位素標記法追蹤雞胚胎的前肢發育過程，發現是相當於D1，D2，D3跑到了原本D4，D5的中間），據信是堅尾龍類分支由於移碼突變造成的畸形演化，算是比較能讓人接受的理論。
至於反對理論提出鳥翼類群體從基幹起就具有，但其他獸腳類似乎還未見報道的特徵如對握後趾（後腳有一根腳趾向後對握）和氣囊等問題不是還有爭議就是威力不足；而對於化石信息矛盾的質疑（基幹鳥類化石比基幹手盜龍類出現年代稍早）似乎也還沒強到引起主流理論除了「等化石唄」以外更進一步的辯護，所以客觀來看還是主流理論（「鳥類是恐龍」）穩如狗的局面。
反過來說說主流理論，基幹獸腳類向鳥類冠群演化的路徑清晰有序，證據充足，從新獸腳類的三個功能趾和叉骨，到堅尾龍類的帶狀肩胛骨和距骨上升突增高，到虛骨龍類的前肢僅保留三指，到最後手盜龍類的前肢加長，半月形腕骨，肋骨鉤突和尾部縮短，副鳥類的恥骨後伸。。。各類正側面證據可以寫出一兩本書。
更值得一提的這一系列證據鏈的最後一環——手盜龍類和鳥類的親密關係更是虱子頭上的禿子（沒打反），這種親密性已經強烈到體現在現階段反對理論對手盜龍類的處理上了——「開除龍籍」。也就是說：馳龍類，傷齒龍類，偷蛋龍類和鐮刀龍類集體被踢出獸腳類和恐龍，和鳥翼類打包組成新的，演化於主龍類基部的「新·泛鳥類」。
也就是說，主流理論認為：鳥類屬於手盜龍類，手盜龍類屬於恐龍，所以鳥類屬於恐龍。
反對理論認為：鳥類不屬於恐龍，而手盜龍類屬於鳥類，所以鳥類和手盜龍類都不是恐龍。
撒。。。
廢話完了回答樓主的問題吧：
請問，「恐龍變鳥」的理論，到底確立了沒有？
學界主流觀點見上。
若是恐龍真的變成鳥了，那麽我們能不能說「恐龍並未滅絕」的定論？
若，能。我們現在一般說「非鳥類恐龍（non-avian dinosaurs）滅絕」
有人拿「物種不同」來解釋，說恐龍當然是滅絕了，因為不存於世。
分類學討論的都是群體，恐龍既然不是「物種級」的群體分類單位，那討論「物種不同」當然沒有意義。就像你不會因為猛獁滅絕了就說長鼻目（象類）滅絕了一樣。
請問在演化的結果下，一個物種演化了，比如說早期的智人，我們會說「早期智人滅絕嗎？」
「早期智人」是一個亞種級或種級的分類單位（或者是幾個亞種/種的打包），那麼。。不考慮尼人和建人成分在現代人基因庫中的低比例存在這樣的情況，作為一個亞種/種他們確實滅絕了。
彩蛋：平衡恐爪龍（Deinonychus antirrhopus）復原圖（誤）
最後再閑扯兩句。。底下一串答主一邊「鳥類是由某種恐龍演化來的」一邊「但鳥類不是恐龍」看了真心精分現場。。
說你是脊索動物可以肉鰭魚類就不行？
說你是羊膜動物可以爬行形類就不行？
說你是靈長類可以北方獸類就不行？
這都什麼毛病。。
分類單元就是個名字。問：
鯨是偶蹄動物么（笑）？
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剛發現漏掉了樓主的一個疑問，就是關於物種層面的連續演變分化。。嗯。。由於近緣群體（和水平轉移層面的）非隔離以及現存生物個體固有的演化潛力等特殊性，這確實是一個有爭議的話題。不止一位生科從業人員抱怨過各種定義下「物種」的概念「模糊」，「製造爭議」，更有甚者（主要是某些領域）直斥其是「悖論」，「無用的」。
關於這個問題我個人也有自己的理解，但不管怎麼理解/解釋各方的處理態度是相對統一的
：對物種及以下單位特殊對待。如果你問一個有直系後代的化石種/亞種有沒有「滅絕」的時候，主要以「與現生種差異（遺傳上，形態學上）是否足夠小」為判斷標準，可以容忍並系群概念。但這一方針一般不運用於「物種」以上的真·系統分類學概念中，屬特殊情況特殊對待。
歸根結底還是「物種」這類早期為了稱手好用而造出來的「民科」概念（沒有對祖師爺不敬的意思）到今天學科成熟了用啥高端理論都圓不上，想改吧又沒同類替代品，扔了又影響工作。。那就湊合著吧。
「裝上尾巴，我也有一顆暴龍的心」（研究人員給雞裝上尾部配重模擬獸腳類恐龍步行姿態）
來晚了…還是簡單說幾句我知道的理解和看法。
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恐龍演化成鳥的理論應該說基本被大多數古生物學家接受和推崇，雖有些爭論，有些不同看法，但隨著不斷有化石證據的出現，該理論應該可以不斷完善豐富。
我覺得應該用另外一種提法「鳥是由恐龍演化而來的嗎？」來表述這個問題可能更加合適,意即:"鳥的起源和演化".
我將大體說兩個部分的內容,
1從始祖鳥到孔子鳥(古生物學背景),從索爾霍芬到熱河生物群(地質學背景)
2鳥類起源演化假說(兩種主要的"假說")
第一部分:
最早德國巴伐利亞地區索爾霍芬灰岩中的「始祖鳥」化石的發掘，無疑是里程碑意義的。現存世（或已經挖掘出）有11個完整始祖鳥化石標本。這些化石表白極具鳥的形態，保留了清晰地羽毛印痕,同時擁有鳥類和獸腳亞目的特徵，因此與恐龍有所區別。
依據1861到現在所發現的11塊標本的研究,始祖鳥總體特徵是清楚的: 大小及形狀與喜鵲有些相似，它有著闊及圓的翅膀及長的尾巴。它可以生長達半米長。它的羽毛與現代鳥類相似，但它卻在額骨上有鋒利的牙齒,腳上三趾都有彎爪及有長的骨質尾巴。
這些特徵正好與獸腳亞目恐龍相似，使得始祖鳥成為(鳥類)演化過程的重要角色。
這裡不得不多講兩句地質學背景,為什麼索爾霍芬灰岩能保存下珍稀的"原鳥化石".
索倫霍芬石灰岩的獨到之處，它具有把軟組織保存下來的地質條件。遠在晚侏羅紀，索倫霍芬地處熱帶，是一片被礁石包圍的淺水湖，周圍散布著泥灘平地。它的北部是如今德國中部陸地，南部則是遼闊的特提斯海（古地中海）。這片脫離海岸的沙洲與海岸間的湖和大海幾乎沒有交流，所以數千萬年以來，湖底慢慢沉積了細膩的泥漿，湖水鹽分也日益增大，生命難以駐足。一旦某種動物的屍體被風暴或者或者溢流的海水衝到湖裡，就會沉到含氧量極低的湖底，泥漿將屍體密封，保護它不會進一步腐朽毀壞，隨後礦物質逐漸滲入並取而代之成為化石，細膩的碳酸鹽基質保存了其中極為細緻的構造。
或許大家不太明白沉積環境之類概念,但是記住這個地方是一個海陸交互的瀉湖環境,利於保存各種不同類型的生物化石,且由於大部分類型海相化石的存在,通過大範圍的地層劃分對比,使得地層時代研究確信無疑:侏羅紀晚期(即晚侏羅世).
始祖鳥並不是現代鳥類的始祖。
在空中飛翔的鳥類要保存為化石很困難，這是因為鳥類為了飛上藍天，在身體結構上發育了輕而中空的骨骼（雖然始祖鳥並不會飛）。當遠古時期的一隻鳥壽終正寢，長眠於地上時，它的纖細的骨骼在風吹、雨淋和日晒的打擊下，會逐漸破碎解體，最後變成塵埃；即便落在陰暗的地方，也會有其它食腐動物光顧，在它們飽餐之後，原地將只餘下一堆破碎的骨頭。只有寧靜的湖泊和沼澤，才是鳥類永久安息的理想墳墓。在古代湖邊或沼澤地棲息的鳥類，在死亡之後如果恰好墜落在細膩的淤泥中，而且此後的漫長歲月中淤泥緩慢地壓實，變成石頭，沒有被溫度、壓力摧毀，才最終會保留下那隻鳥兒的骨骼，幸運的話，還能在岩石中留下羽毛的印痕。如此苛刻的形成條件使鳥類的完整保存成為奇蹟，保存下來的每件遠古鳥類化石都價值連城。而且越是古老，化石的價值就越大，始祖鳥從年代上看，確實是人們發現的最古老的鳥類，它生活在侏羅紀。因此人們在教科書中記錄了這樣一句話：始祖鳥是最早的鳥類。
但是如今，科學家們都認為始祖鳥還是恐龍，可能是現代鳥類的恐龍祖先。
始祖鳥"假想"復原圖
始祖鳥既顯示了明顯的爬行動物的特徵又保存了精美的羽毛,140多年來人們一直將其作為介於恐龍與鳥類之間的「中間環節」(「missing link」)。由於始祖鳥化石稀少，加之地理分布十分局限，長期以來國際上一直圍繞鳥類起源問題展開了激烈的爭論.各種假說測出不窮.
於是題主所提及的遼西地區"帶毛恐龍"今年來逐漸發現並走進大家都視野.接下來就講遼西熱河生物群.熱河生物群（Jehol Biota）是生活在中生代晚期，分布於中國北方、蒙古、西伯利亞、以及朝鮮和日本等東亞地區一個繁盛的生物群。這一生物群初始以「戴氏狼鰭魚—東方葉肢介—三尾擬蜉蝣」為代表。中國遼西地區是研究熱河生物群的經典地區，包括義縣組和九佛堂組兩個地層，共跨越約1800萬年。這裡保存了大量精美的化石，含20多個重要生物門類：無頜類、軟骨魚類、硬骨魚類、兩棲類、爬行類、鳥類、哺乳類等脊椎動物類群，以及無脊椎動物的腹足類、雙殼類、葉肢介類、介形蟲類、蝦類、昆蟲和蜘蛛類，輪藻、各類陸生植物（含被子植物）等。
(其研究歷史可追溯到1923年,幾代地質古生物學家在此作了大量的發掘研究工作.具體的不細說,有興趣的童鞋可以自行搜素,有疑問可以發消息給我.)
直到80年代到90年代，遼西熱河群地層中發現了數十個重要的以鳥類和恐龍為代表的脊椎動物化石點：1988年，遼寧省朝陽縣勝利鄉發現三塔中國鳥；1990年，周忠和在朝陽波羅赤九佛堂組中發掘出燕都華夏鳥；1993年，在遼西的北票縣上園鎮尖山溝義縣組下部發現了原始鳥類——聖賢孔子鳥和原始哺乳類——五尖張和獸……自20世紀90年代以來，在遼寧西部地區陸續發現了20餘個門類，數以千計的精美古生物化石。名單列舉如下:
這些是兩棲爬行類動物和哺乳類動物:
尾羽龍
小盜龍
張氏朝陽翼龍
顧氏遼寧翼龍
董氏中國翼龍
努爾哈赤翼龍
矢部龍
翼龍類
樹翼龍
鸚鵡嘴龍
中華龍鳥
原始祖鳥
尾羽龍
中國獵龍
北票龍
遼寧角龍
中國獵龍
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這些劃作鳥類:
中國鳥
波羅赤鳥
義縣鳥
燕鳥
會鳥
長翼鳥
朝陽鳥
松嶺鳥
熱河鳥
遼西鳥
冀北鳥
孔子鳥
著重說下關於中華龍鳥(注:名字看似是鳥,不是劃作鳥類的)和孔子鳥.
留空待續
熱河生物群是中生代晚期分布在東亞地區的一個著名土著性生物群。地質環境與前述索爾霍芬不
一樣.以陸相(河湖相)沉積環境為主,不見海生生物,伴隨有晚中生代全球大規模火山噴發,尤其是中國東南地區.因此特殊的地理位置(相對封閉的地方土著),湖相沉積環境和突發的地質事件(火山噴發導致特異埋葬的產生),使得這些珍惜的脊椎動物和珍惜鳥類化石保存下來.
扯這麼些遼西化石,主要記住2點:遼西生物群的時代雖有爭論,歷經多年的研究基本上總體認識趨向於早白堊世晚期(插一句,這裡面的故事很多很多,夾雜不少學術界的江湖血雨腥風愛橫情仇.);遼西時代要晚於索爾霍芬,中華龍鳥孔子鳥要晚於始祖鳥.
到目前為止的研究成果,大體上可以這樣歸結: 遼西晚中生代地層中發現了大量長羽毛的恐龍和原始鳥類化石，有力地支持了鳥類起源於小型獸腳類恐龍的學術觀點，使鳥類起源的「假說」成為當今國際科學界佔主流地位的學說和理論，基本解決了長期困擾國際科學界的鳥類起源問題.
因此,談生物進化(我更願意用演化這個詞代替進化),地質時代是一個很關鍵的前提. 化石標本時代的確定,演化的時空關係才能清晰,如同有了一個明晰的時間軸,演化特徵伴隨地質時代的更迭才能易於解釋和理解.
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整理到現在發現,我是有多懶.好久不寫東西都生疏了.這裡給大家道歉,等了十幾天沒有更新,結果今天還沒寫完.一來最近出野外,時間精力不夠用,二來我本人上學時雖是做中生代相關古生物學研究的,但是關於恐龍,鳥類等脊椎動物方面幾乎不涉及,有時我也得看看資料.有在北古所的童鞋老師請多指正.
外行之見，還請指正：
「滅絕」（extinction）在生物學上是有明確定義的術語，與其打各種比方，不如老實抄書。暫且參考維基百科：在生物學和生態學中，絕滅或滅絕是指一個或一族物種的消失。滅絕的瞬間通常被認為是該物種最後一個個體的死亡，沒有子孫後代。
英文版這麼寫的：
In biology and ecology, extinction is the end of an organism or of a group of organisms (taxon), normally a species. The moment of extinction is generally considered to be the death of the last individual of the species, although the capacity to breed and recover may have been lost before this point.
意思差不多，應該是翻譯過去的。
但滅絕還分好幾種，其中一種是「真滅絕」（true extinction），一種是「假滅絕」（pseudoextinction）。前者是指一個物種真的徹底消失了，被從地球上連根剷除，一個後代都不留；後者是指該物種演化成其他物種存活下來，舊的物種已經不存在，但所演化成新物種是它的後裔。
第一個提出鳥類是恐龍後代理論的是19世紀的Thomas Henry Huxley，之後這類理論層出不窮，我也不清楚當前古生物學界的共識到底是怎樣，但應該可以說，很多人承認鳥類是從恐龍的一支進化來的吧。
按照這種說法，進化成鳥類的那一支恐龍叫做鳥獸腳類恐龍，或許我們可以這麼認為：廣義上來說，恐龍是滅絕了，而其中進化成鳥類的這一恐龍支系屬於生物進化學說中的「假滅絕」，其他絕大多數支系的恐龍，都是「真滅絕」。恐龍愛好者及化石愛好者前來湊熱鬧。
首先，你所說的96年在遼寧境內發現的羽毛生物，應當是中華龍鳥。它具備恐龍和鳥類的雙重特徵，是恐龍整個總目下面一個小小的屬，一般認為屬於美顎龍科（這個科下面還有美顎龍屬，也就是相對比較有名的細顎龍），屬於到今天鳥類之間可能的過渡物種。
此外，96年之後，在熱河、二連浩特等地區陸續發現了一批恐龍（比較著名的有顧氏小盜龍），具備一些基本鑒定為羽毛的附著物。除此之外，它們的生理特徵差異很大，比如說腳趾、胸腔和牙齒結構，腦區大小，可能的發聲方式等等，因此建立起一系列複雜的新分類（有些分類下可能只有唯一一具且不完整的化石）。
另外，在牛津陳列著一個叫做始祖鳥的物種化石。始祖鳥並不是鳥，這種生物，和龍鳥是地理位置遙遠的親戚，屬於始祖鳥科。
這些恐龍，或者說其中的一幾種，研究者們推測可能是今天鳥類的祖先。
至於有的知友望文生義提出「鳥臀目」，這個觀點比較誤導人。 鳥臀目，大家耳熟能詳的有甲龍和鸚鵡嘴龍，普遍是不會飛的大粗腿。
目前主流的分類學觀點，是蜥臀目下面的獸腳亞目，再往下層層分級，下面的一個屬甚至是亞屬（即上文提到的美顎龍屬之下）進化成了今天的鳥綱。鳥綱下有一種孔子鳥，和恐龍生活在同一個時代，但已完全具備鳥類特徵，是恐龍和鳥類親屬關係的又一佐證。
其實不只是鳥，今天的許多生物都和恐龍有親屬關係。
比如：重爪龍和鱷魚、甲龍和穿山甲，劍龍帆龍和今天那些有散熱背板的爬行動物，他們就算不是直接進化，也絕對有親屬關係，比如說同源，也有可能是趨同演化。包括各種蜥蜴，變色龍壁虎，都可能存在這種關係。
存在這麼多關係，因為證據不明確，我們還是把它們放在一邊，說回鳥類。若果是趨同演化，或者同源，這是另一種可能性，他們就不是基因繼承者關係了。
但我們繼續做今天普遍的假設：中華龍鳥所在的那個分類，有可能是今天鳥類的基因創造者。鳥類如果有發達的大腦，當然也可以像卡爾韋諾那樣寫一本＜我們的祖先＞，憑弔和緬懷。但是不是就可以說，恐龍並沒有滅絕？
這個看法主要有三個問題:
1.還沒有足夠多的化石作為恐龍進化為鳥類的鐵證。前面提到的始祖鳥，它已經獨立作為一個科存在，界門綱目科屬種，想到恐龍所在的分類級層才處於總目（介於綱目之間），始祖鳥所在的級別已經相當高了。而目前，總共發現這個科的化石只有12個同分級，你想想，貓科動物有多少？相比之下，始祖鳥的化石數量實在少的可憐，就不用說更可憐的龍鳥。
這樣稀有的化石，無論是從生理特徵還是時間分布上來看，能分析出來的東西都非常有限。要拿來做鳥類進化的鐵證，還不夠有說服力。
為什麼要用數量概率來說明這種不確定性？是因為真正有羽恐龍的數量不僅稀少，而且很多不是依靠證據而是推定得來的。除了極少數類羽毛殘質得以保留，許多「羽毛」的存在是根據痕迹判斷的。而更廣泛的判斷，則是根據確認帶羽恐龍的化石特徵，依照物種的關係對並未發現羽毛的化石進行的大膽猜想，也就是「盲推」。
這種判斷的危險在於，如果其根基錯誤，那麽全盤皆錯。比如最早被發現的恐龍----禽龍，人們一開始只是發現了一塊巨大而尖利的「牙齒」，並不知道是什麼動物的；再後來，人們發現了這種生物的整個化石，命名為Iguanodon，含義便是某種蜥蜴的牙齒。因為此前，人們根本沒有見過這種生物，無法想像到這樣的生理結構，只能根據有限經驗認定：這種具備匕首功能的東西長在口腔之內。禽龍也因此在很長時間內被描繪為一種兇猛的捕獵野獸。
但是，隨著越來越多化石的出土，通過附著殘存物和陳列位置，以及這種生物體內的殘存食物規律（食草動物，因此應該具備用於咀嚼研磨的槽牙而不是攻擊性牙齒），人們逐漸意識到那塊兒尖骨頭實際是禽龍的大拇指，和牙齒一點關係都沒有----一開始，就錯了。
只有一具骨骼，很可能是牙齒掉了；當發現的「尖大牙恐龍」達到了一定數量，「大牙」的資料才終於揭示出它並不是牙齒，只不過是這個可憐的素食主義者用於防禦或搬食物的小工具而已。
2.假設我們已經敲定，中華龍鳥和他的小夥伴們真是鳥類的祖先。那它們是否真的屬於恐龍？
這個問題，現在來看不是問題，因為通過現階段發現的化石所總結的恐龍特徵，它們基本是符合的。但是隨著研究成果的進展，這些「定論」有可能又會被推翻。
就說滄龍蛇頸龍和翼手龍，今天已經證明它們名不副實，不能分進恐龍範圍。
目前將龍鳥始祖鳥分類放進恐龍，是因為它們符合恐龍的生理特徵。但假如未來總結出了新的特徵，（比如終於找到了證明恐龍皮膚組織的辦法），而它們又不符合，那就不是恐龍了。
在這種情況下，另外的一種可能就是，鳥類和恐龍並不是進化關係，而是擁有同樣的祖先，只不過和早期恐龍同時期的古鳥類化石還沒有得以發現。
3.第三個就是邏輯問題了。即便今天的動物是恐龍的後代，可是恐龍本身仍然滅絕了。它們已經不是同一個物種。
區別在於，作為鳥類祖先的恐龍可能死於食物鏈或自然死亡，他們死前已經留下了正常小恐龍和具有鳥化變異的小恐龍。而在恐龍前後滅絕的時代里，被惡劣的自然環境殺害的是正常小恐龍的後代，也就是恐龍本身；而變異小恐龍的後代----古鳥，活了下來。
即便上文提到的一切支持恐龍進化鳥類的猜想和推論都成立，鳥類的祖先美顎龍科進化成了今天的鳥綱----根本不在同一個分類體系下，更不用說物種本身了。我們甚至不需要考察分類體系的整個結構，就說具體的：恐龍總目屬於蜥形綱，而鳥類，你會把它們定義為爬行動物嗎？
至於@magasa 提到的「假滅絕」，我也是外行，不知道在進化論史上它是非常廣泛的學界術語還是一撮人提出的觀點。但是，這個概念是非常嚴格的，它要求存活下來的必須是species，種的進化。這也就意味著假滅絕只能在原先的分類系統之下討論，比如題主提到的智人。
而考慮到而整個鳥class已經完全不再是「種」，並且，無論下層還是上層分類完全在新的生態系統和分類結構之下，「假滅絕」在這裡使用恐怕不太嚴謹。
所以，無論如何，除非你發現了活的主龍類脊椎爬行動物【順便說一下傳說中的湖怪類生物：假如發現了全球各地中的任一個湖怪傳說屬實，Ok，存在多一種未滅絕的遠古生物，但仍然不是「恐龍未滅絕」。因為「湖怪」，根據被描述的特徵，如果存在，也多屬於有鱗目（滄龍）和蛇頸龍目，不能算恐龍】，
恐龍的共有衍征包含：
- 肱骨有低矮的三角嵴（Deltopectoral crest，讓胸鎖三角肌肉附著的部分），長度約是肱骨的1/3到1/2。
- 腸骨後部有個突出區塊。
- 脛骨末端邊緣寬廣，有個往後的凸緣。
- 距骨有個明顯上突，與脛骨契合。
符合以上維基百科的描述。
否則，恐龍這樣的生物，便的的確確、徹徹底底、乾乾淨淨地滅絕了。
滅絕的是非鳥類恐龍，鳥類由小型獸腳亞目演化而來已經有充足的證據證明並且基本被學術界認可，根據發生學的理論，鳥類作為小型獸腳亞目的延續，從廣義上也可以說恐龍並沒有完全滅絕，但除了這一演化支，其他的非鳥類恐龍並沒有留下任何後代，而且非鳥類恐龍的滅絕並不是一瞬間的，三疊紀出現的恐龍，能夠順利發展到侏羅紀的只是一小部分其他種類因各種原因被淘汰而滅絕，而侏羅紀的恐龍能順利發展到白堊紀的也是一小部分其他種類也如此前三疊紀末期那樣滅絕，而到了白堊紀末期因為大滅絕事件使得絕大部分種類逃不過那場浩劫，而只有這一演化支因其獨特的演化路徑使得其儘管也大傷元氣，但也部分種類得以逃過一劫並發展繁衍至今，從這方面也可以說是恐龍超目生物這一演化支的遺孑，因此從廣義上講，恐龍並沒有完全滅絕這一點是可以成立的！
鳥類與恐龍同祖先，但不可能是恐龍演化出鳥的，只能說恐龍的祖先演化出鳥這一個分支的。
古生物類的小說太少了，樓主是學生物的，並不是古生物，因為古生物專業全國也沒多少，不過一直對恐龍很感興趣，於是寫了一部相對而言比較嚴謹的古生物進化小說，講述的是一次實驗事故，開啟了白堊紀時空的黑匣，地球重回白堊紀末期，人類從食物鏈頂端跌落求生存的故事。
"生命從海洋登上陸地是地球生物進化的一個里程碑，但那些上岸的魚再也不是魚了。」——劉慈欣
人由類人猿進化。類人猿呢?…逆推一下還能直視自己嗎
古脊椎動物學，特別是主龍類和相關類群的研究者是普遍接受分支系統學的核心思想的，也就是一個自然的分類單元應該是單系群而不是復系群或並系群
目前鳥類起源於獸腳類恐龍的證據已經非常充分並被普遍接受，那麼鳥類應該是獸腳類或恐龍類的一個支系，所以嚴格意義上的恐龍類應該包含鳥類，所以現在經常能見到「非鳥恐龍」的說法，也就是不包含鳥類的恐龍類
怪不得那隻鴿子那麼大
那你說類人猿滅絕了嗎
不能吧，如果是這樣的話
學術界已有基本共識，就是霸王龍滅絕了，但是還有恐龍在飛。
我感覺就好像是雖然某人的父母去世了，但是血脈還在延續，某種意義上來說，他們並沒有死亡。所以恐龍也是
大家可以買本《進化論的聖像》，這本書很好的回答了進化論的問題，包括你提問的鳥是否由恐龍而來，可以說是以科學反對迷信。
澤格被泰倫消滅，跳蟲存活下來，然後它們進化了幾千萬年變成了狗（或其他什麼東西）然後你可以說澤格木有被消滅而是進化成了狗么？至於後面那個智人的例子給我的感覺就像新船舊船的哲學問題一樣，量變引起質變，沒有必要太過糾結吧。
非生物專家，無邀請，純興趣回答，有錯誤請糾正。
恐龍演化為鳥是一假說。
發現帶羽毛的恐龍的發現，以及介乎爬行類與鳥類的始祖鳥的出現，使得生物學家產生這一推論。
爬行動物恐龍→帶羽毛的爬行動物恐龍……有羽毛的近乎爬行動物的始祖鳥，這看起來不是過於突兀。
但是目前尚未定論。
物種的區分以能否交配產生可繁殖性後代為界限。
我相信鳥類應該不能和恐龍交配產生可繁殖性後代，所以，鳥類可能是恐龍演化而來的，但是恐龍這一物種是滅絕的。而且以生物的性狀特徵劃分，鳥類屬於鳥綱，恐龍屬於爬行綱，已經相去甚遠了。
人類由智人演化而來，但現代生物學好像仍把人類歸類為智人一類，估計性狀以及其他生物特徵變化並不大，都是哺乳綱，甚至是同一種，智人種。
演化的分離會隨著時間的增長而擴大，恐龍到現代鳥類，在漫長的演化過程中，改變的東西太多了，很難把兩者歸為同類。相較而言，早期智人與現代人類，在時間量綱上，和恐龍與鳥類不能比較，幾百萬年能改變一些東西，但是變化不夠大。如果一億年後人類仍能存在，大概也會演化成為另外的物種，到時再說智人滅絕的問題可能更為合適。
大學之前對達爾文進化論深信不疑，因為書本，老師一直都這麼教的呀。大學後才知道進化論只不過是物種起源的其中一種假說罷了，全世界60Y人全扔海里，我不信能有活下來的。根據熵增原理，一切東西都是有序走向無序，一堆線條加字母數字不可能刮陣風就能變成我花了幾個晚上做的設計。
假設題主的假設都是正確的，請題主回答我一個問題，類人猿演化成我們現在的智人，我們該不該認為智人沒有滅絕？再比如，狼變成狗，我們把狼全部殺死，狼滅絕了沒？
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