有哪些像《青之文學》《Monster》《甲賀忍法帖》《絕望先生》這樣有深度的日本動漫值得推薦？
拒絕肉片、少女漫。
發現日本動畫這個話題里討論的都是電影、宮崎駿，內容太少了。
新世紀福音戰士 賞金獵人 混沌武士（OST絕了） hellsing (極其華麗，得看OVA版的）死亡筆記 今敏的若干 攻殼機動隊 怪 （天野喜孝的原畫） 超智遊戲 ... （MADHOUSE 很多作品都能滿足你 ） 再補充： 魍魎之匣 逆境無賴系列（賭博默示錄 破戒錄等改編） 鬥牌傳說.、大友的memories 再次補充：《劍風傳奇》
湯淺政明的實驗動畫《獸爪》非常前衛的表達方式，
《十二國記》強大的世界觀，《Cowboy Bebop》炫技之作，必須感謝菅野洋子，《FLCL》Gainax+Production I.G製作，十三年前的作品，監督也是Eva的監督、機動警察的原畫天才鶴卷和哉！酷斃了好嘛！趁著沒人說《機動警察》我在候補上它吧..
- 自新世界
- ergo proxy
- 人類衰退之後
- 屍鬼
在我的理解中「有深度」可以理解為有可探索性。
1.劇情方面的「有深度」
推薦「怪物.Monster」 推理類的作品，七十幾集幾乎一口氣看完，劇情環環相扣，鋪墊和伏筆很多，很佩服浦澤直樹的劇本功底.2.情感方面的「深度」推薦「星際牛仔.Cowboy.Bebop」 基本每一集一個故事，每一集都有情感的觸發點，星際牛仔的畫工和配樂也都是沒話說的（菅野洋子配樂，渡邊信一郎導演），cowboy其實就像是一瓶好酒，喝下去之後可以回味好久.「混沌武士.Samurai.Champloo」同樣是渡邊的作品，同樣的三人組合，風格鮮明，值得一看，略遜星際牛仔一籌.「銀魂.GINTAMA」只能說每集之間的質量參差不齊，以搞笑吐槽為亮點，但是偶爾的爆發也會戳中淚點，缺點是集數有點多了，很多集都是湊數的.3.畫風「有深度」「SpaceDandy」（隨便死丹迪），第一季完結，第二季連載中.畫風各異，百家爭鳴，渡邊也參與了導演，參與此片的有各種大神，近年來值得一看的片子.「劍風傳奇劇場版」一共三部，我是看漫畫過來的，所以覺得動畫還算可以，推薦一下.「吸血鬼獵人D」「獸兵衛忍風帖.Ninja.Scroll」「妖獸都市」都是川尻善昭的作品，其中妖獸都市是三級片，但是風格非常贊，獸兵衛忍風帖的動作設計也非常贊.
「蟲師.Mushishi」與押井守的作品不同，蟲師更多地是表達了與自然相處的智慧，淡然而睿智.
惡童、伊藤潤二的漫畫
補充一些
《江戶盜賊團五葉》
2010
《戰鬥妖精雪風》
2002 ova
畫面很棒，角色也很喜歡，機戰很刺激，喜歡戰機的一定不要錯過
《回憶三部曲》
ova
《調酒師》
《Mind Game》
劇場版
《鬼公子炎魔》
2006 ova
鬼故事很有意思，有恐怖有感動
《阿修羅》
《死亡代理人》
2006
《電腦線圈》
2007
《 永生之酒》
2007
《死狂/劍豪生死斗》
2007
《道子與哈金》
2008
《再造人卡夏》
2008
《秘密》
2008
《海馬》
2008
《 二舍六房的七人》
2010
《BLOOD：THE LAST VAMPIRE》
《乒乓》
剛問完類似問題就看到這個了怒推一個15年前的實驗性質動畫《Lain》（玲音）引用一段百度百科的說明
網路中的虛擬——《Lain》日本Production 2nd公司於1998年7月6日至9月28日在電視台的深夜時段推出了一部試驗型動畫《Lain》（玲音）。只有13集的這部動畫當時的收視情況不是很理想。人們似乎還沒有準備好接受這樣「另類」的作品。極強的跳躍性，凌亂插接的場景，晦澀的劇情，壓抑的氣氛，再加上緩慢的敘事手法，我們似乎只能用類似「無端，茫然，莫測，未知，無律，神秘，……」的詞語來形容它。
幾乎和EVA一樣的神秘主義省錢作品，大量的重複剪輯和靜態畫面，未來背景下濃厚的宗教色彩，以及......算了不劇透了。
我在12年前買到了全套《lain》vcd，看了整整一年都沒看完，就是因為那晦澀的劇情。這片子優點是配樂和畫面剪輯超一流，各種典故和象徵與EVA一樣多，想不內涵都難。
死狂……又名昆蟲生死斗，又名腸子生死斗……
真心神作，唯獨請空腹觀看。《蟲師》，有隱喻，折射人性、社會、自然；《夏目友人帳》，溫情，折射人性；《奇諾之旅》，折射人性、社會；《天才嘉年華》和《天才嘉年華2》，一共14個短篇動畫組成，分別由不同的監督負責，劇情、音樂、導演都十分到位，是難得一見的高品質作品；《夏日大作戰》，值得一看，動畫中後期感人；《幸運書籤colorful》，其實是一部很沉悶的動畫，甚至被評價為「無聊」，不過有折射社會現狀，不知道是不是符合提問者對「深度」的定義。
前面幾位提到的一些，我也很贊同：伊藤潤二的漫畫、今敏的作品、新世紀福音戰士、賞金獵人、混沌武士、攻殼機動隊、怪、二十一世紀少年、魍魎之匣（因為是京極夏彥的作品，笑）。EVA我想已經不用再需要什麼理由進行推薦了吧，只是希望劇場版能夠如期亮相，在電視版，漫畫之外開拓出更富有變化的結局。
不妨看看黑之契約者、永生之酒、空之境界、恐怖殘響、phantom、psychopass第一季、今敏的作品（紅辣椒等等）
補充幾個：
四疊半神話大戲迴轉企鵝罐妄想代理人（今敏的大部分動畫）妖精的旋律以上，強烈推薦~最後，其實最內涵的是銀魂好不好！！《psycho pass》與psychopath重音我不知道老虛的用意
《自新世界》
兩部都是反烏托邦地獄少女
mind game 心靈遊戲（湯淺政明的神作）tokyo father 東京教父（我覺得宮崎駿代表幻想的話，那麼金敏就要麼能更幻想要麼能更現實）貓湯-----TV-----鋼之鍊金術師（探討人性？劇情最強）FATE/ZERO（編劇是如何把所有人物的夢想一個一個個捏爆的/反派虐翻主角的故事）魔法少女小圓（什麼樣的夢想才值得付出所有去追尋？/這樣的百合才是真愛）十二國記（探討為王之道？這個推薦看完動畫補小說，動畫只拍了小說4/1）劍風傳奇（非常富有想像力的作品，推薦看最近的劇場版拍的很有氣勢）GANTZ 殺戮都市（屌絲逆襲？這貨連載了12年終於要完結了吧！）四疊半神話大系（非常有風格的小品）荒川爆笑團（看完以上虐心的可以看這個，挺天才的作品）混沌武士（前面N多人推薦了但是還是很推薦，分鏡和音樂贊爆了）KARAS 鴉（單純為了畫面，為了那憂傷的小調調和讓我聽了5年的ED推薦）----manga----伊藤潤二全集首推《十字路口的美少年》這個我認為伊藤最好的作品《漩渦》《魚》手塚治虫的《火鳥》
如果我說《銀魂》是近年來最有深度的日漫，不知道有沒有人會贊同？
果然是時之淚，老阿姨來補充一些老番吧。
Production I.G簡稱豬社（大誤）的不少作品都是有深度的作品，比如實力扛把子的《攻殼機動隊》系列（最好是不看arise）其它的一些作品比如《人狼》、《神靈狩》、《精靈守護者》、《東之伊甸》之類也是不錯的，還有前面提到的《psychopass》（算是新一點的番了）之類都是來I.G。個人力薦I.G社的作品。
還有青年向的一些漫畫其實都比較發人深思呀，比如：浦澤直樹的《二十世紀少年》（沒錯，跟monster是一個作者）菅原敬太的《走馬燈株式會社》高橋努的《心魔大審判》《死亡清掃人》也還不錯就是結局致郁（也有爛尾這個因素）基本上跟死亡、宗教、轉世題材沾邊的都有點想發人深思。另外還有石黑正樹的《外天樓》（好吧這個不算青年向，是夾帶的私貨哈哈哈）藤田和日郎的《魔偶馬戲團》清水玲子的《秘密》 etc.差不多一下想到這些，手機碼字，想到別的再來補充。