生物信息學進階第1課,重複1篇Nature文章!

2017年6月23日,我們成功舉辦了題為《如何快速入門生物信息學》的知乎Live,截止到目前為止,已經有超過250人參加,好評率100%.n

部分評論截圖如下:

在持續3個小時的討論中,我們對生物信息的入門路線圖有了一個比較清楚的認識。也帶領大家按步驟完成了RNA-SEQ的數據分析,並使用R軟體進行了boxplot,heatmap等一系列圖的繪製。

那麼,在掌握了入門以後,我們該如何繼續把握生信熱點,不斷提高自身的生信水平呢?結合大量的實踐經驗,我們認為,重複高水平的國際頂級科學論文中的結論能夠快速提升我們的知識水平與實戰技術水平。基於此,我們推出了本次Live課程——生信進階第1課-重複Nature文章

本次課程我們選擇了2014年發表在國際頂級學術期刊Nature雜誌上的一篇論文,該文章研究了肺上皮早期發育順序的相關問題。對應的文章標題截圖如下:

涉及到的概念有單細胞測序,RNA-SEQ 分析,熱圖繪製,PCA分解,violin plot 等等。比如,通過本次課程,你可以繪製出類似文章中的如下圖:

1. 通過PCA分離開不同細胞

2. 通過熱圖,看不同來源細胞的基因表達譜的變化,並聚類

3. 還有很酷炫的violin plot

生物信息入門,最好的辦法就是拿到數據開始懟;理論講得再好,不會應用也是白搭;站在岸上永遠學不會游泳!所以,歡迎大家踴躍報名參加!

有幾點特別說明:

1. 如果沒有參加我們上次知乎Live的小夥伴,且沒有生物學基本常識的朋友,最好是參加一下 如何快速入門生物信息學-知乎Live 然後再報名本次課程。如果已經有了高中以上理科生物水平,則可以直接報名本次 生信進階第1課-重複Nature文章-知乎Live

2. 本次 Live 主要包括以下內容

  • 人體肺部發育背景介紹

  • Nature文章主要結論介紹

  • 單細胞測序的建庫原理與測序方法

  • 單細胞RNA-Seq的分析方法與流程

  • 主成分分析的原理(PCA)

  • 常用的其它聚類分析方法

  • boxplot與violin plot

  • heatmap及其繪製細節

  • 以上內容的全部R代碼實現

3. 要重複Nature文章的原文下載

昨天忘了放鏈接,我的鍋!今天補上!下載鏈接:pan.baidu.com/s/1hsiRb1 密碼:v5rv

最後,還是希望大家能夠積极參加我們的知乎Live活動!希望在學習生物信息的道路上,我們能互補有無,攜手前進!

2017年7月31日 晚7點30分,我們不見不散!

生信進階第1課-重複Nature文章-知乎Live
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