為何港鐵北港島線要在添馬站設置轉車站？
北港島線原設計為「換線」方案：
後改為「交匯」方案：
但為何不考慮直接把東涌線和將軍澳線連接成同一條線，而一定要在添馬站設計一個轉車站呢？
因為東涌線使用的列車（經提醒，信號系統皆為SACEM且轉變為Advanced SelTrac CBTC）與既有市區線路（包括港島線荃灣線觀塘線將軍澳線）不同。而從根本上看，就是線路定位不同。東涌線是快速入城的市郊線路，而將軍澳線是市區線路。貫通東涌線以及市區線路的代價是耗費時間資金去改造市區線的站台以及信號系統，這意味著的是停運及其帶來的對交通經濟效益的影響。過海鐵路只有三條，東面的過海走廊將軍澳線如果為貫通而停運對東面交通命脈來說是致命的。而貫通東涌線以及將軍澳線在解決通勤上基本上是沒有意義的，因為通勤客流主要為東涌組團-九龍組團-香港以及將軍澳組團-香港，基本不存在通過東-將線達成從將軍澳-東涌的客流需求。況且，東涌區以及將軍澳區主要以住宅樓為主，東-將不會是主要的通勤路線。而來往九龍以及將軍澳的乘客，亦不會愚蠢到繞大彎到香港島，而會直接選擇觀塘線。
綜上所述，設置換乘站是較貫通運營更好的方案。
至於另一位答主提到因為運能不足東涌線不適宜延伸到香港島市中心，並不是十分嚴重的問題。港鐵完全可以對部分區域進行小交路加密，如在將軍澳-添馬區段區間加密，但這樣做意味著回到上面所述的論點，如此一來也就沒有貫通運營的必要了。
補充一點，由於將軍澳線途徑路段彎多且站位較東涌線密集，速度上註定不需要東涌線列車135km/h的時速。這意味著將軍澳線使用東涌線列車的標準是浪費的，也正是貫通這種方案的不合理性。再補充一點，港鐵似乎有將添馬-金鐘聯結起來作為一個大換乘站的想法，類似香港-中環。一旦落成，添馬-金鐘樞紐將取代香港-中環成為全港最大的鐵路樞紐。這樣做的優點在於，避免將軍澳線繼續扎堆猜測可能空間不足的香港站。將軍澳線退一步到添馬與東涌線換乘，在設計上有更多設計空間而不至於太被動。這樣一來，雙巨核的兩個換乘站會更好地處理來自各個方向的客流。
（圖源：《鐵路發展策略2014》添馬站與金鐘站並未連起）
梳理一下：九龍（機鐵）?西九龍高鐵站?柯士甸（均有獨立付費區）：高鐵樞紐紅磡?紅磡火車站（均有獨立付費區）：舊有火車樞紐從尖沙咀到太子五站是九龍鬧市，位於兩個樞紐之間。香港（機鐵）?中環：舊有巨型樞紐。有將北部市民及大嶼山市民進入港島後的「分配」重要職能。未來加入南港島線西段以及可能存在的新過海隧道方案來往堅尼地城及大嶼山，屆時這個樞紐任務更重。添馬?金鐘：可能的新巨型樞紐。由於來往香港島與九龍的乘客較東涌線更多地選擇荃灣線過海，故現時早晚高峰可謂壓力山大。未來南北線經過金鐘可以配合疏導（實際上通過會展站與北港島線換乘已經疏導走部分往東的客流）。加之南港島線東段亦使用這個樞紐，意味著如果結合添馬站的北港島線，這個樞紐將能方便順暢地通往香港東西南北。
很有意思的問題。
政府早在便提出興建北港島線，當時只是一個中運量系統，後來在2000年、2013、14年分別對鐵路規模和走線提出不同方案，包括：將現有港島線一分為二，由東涌線和將軍澳線分擔；延長東涌線到添馬，換線到將軍澳延長線，經會展、銅鑼灣北等站組成北港島線。最終政府決定採用後者。政府對於選擇交匯方案理由的描述很簡單：
該方案會將現有港島綫分為兩半，將會嚴重干擾港島綫的運作，並且影響使用者的出行習慣。
（https://www.thb.gov.hk/tc/psp/publications/transport/publications/rds2014.pdf， p.35）
可是當年西鐵九龍南線建成後，政府卻不怕影響東鐵乘客的出行習慣，把原屬東鐵的尖東站撥歸西鐵線（網民戲稱：尖東歸西），可見應該還有其他原因導致政府一錘定音採用交匯方案。
幾可肯定有港鐵內部人士的fb群組MTR Service Update，在一網媒撰文（http://www.vjmedia.com.hk/articles/2013/05/19/38687） 解釋政府選擇交匯方案的原因。機場快線和東涌線的設計深受當年中英雙方就玫瑰園計劃（玫瑰園計劃包括興建新機場、機場鐵路、大嶼山新市鎮等大型建設，是港英政府保持港人對未來信心的計劃）的爭論影響，導致機場快線和東涌線的建造規模需要壓縮，共用大部分軌道，同時壓縮了電力設備規模，無法進一步增加班次，現時列車密度極限為3.5分鐘，而且是動用了最後一組變壓器的情況下才達成的，不可輕易啟用。
作者進一步分析：
「同時，機場鐵路自通車伊始，就預計各服務會高速行駛。故建築結構預留予列車擺動的空間，即「Kinetic Envelop」比市區線寬16.4cm，大約跟成年男性的手掌一樣大。兩者的幕門門距又有分別，除了車門會「不對位」，機鐵列車若駛進市區線車站，駕駛室又會超出月台長度，「被困」在隧道內。」
東涌線列車如要駛進港島線，可以預見需要在港島線沿線和車站進行改建工程才能容納，對乘客的影響肯定比新建線路，並由將軍澳線運行為大，故此他們同意最終方案是最佳方案。
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對題主提問的補充，為什麼不能保留港島線的同時，將東涌線延伸到將軍澳線。按上文推測，東涌線是先天發育不良的線路，無法再加車增班次，難以應付港島的客流，港島線現在繁忙時間每班間隔約1分鐘，如強行引入東涌線到港島中心車站，很快就會出現飽和又無法擴容的困局。以將軍澳線延伸，問題會比較小。