為什麼古代遺迹遺址大都深埋在地下？
關鍵是有沒有人打理。 @西行寺涼粉 的回答中已經提到，[埋藏在地下，僅僅是說古代遺留下來的建築「根」部——地基及一些保護地面建築的附屬建築等]。
實際上，有很多古代遺迹就在地上的。比如嵩岳寺塔，一直有人打理，或者是在塔倒塌前一直有人打理。
埋在地下的古代遺迹，基本上可以分為三類，一類是被遺棄的，一類是特大天災，一類是[故意]埋在地下。
首先是被遺棄的，大部分屬於這種。舉個例子，比如滄州古城牆（沒保護以前）。這個古城牆開始就是被遺棄了。如果一直沒人保護的話，就會慢慢的失去原有的樣子，然後在各種因素作用下垮塌。直到淹沒於黃土之中。
圖片來源：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4e318af40101flpe.html 淹沒於黃土中的方式有幾種，一種是速度很快的，比如火山爆發被火山灰淹沒，被洪水淹沒等。對中國大部分的地區，主要影響因素是洪水和降塵。洪水就不多說了，可以帶來很多淤泥。降塵的話，作用也不可小覷。
肖羽. 塔里木盆地大氣降塵的初步研究[D]. 湖南農業大學, 2007. 比如上面這個研究，塔里木盆地的降塵還是很可觀的。
總結起來就是，對於被遺棄的建築，最終的宿命就是倒塌、或灰飛煙滅、或沒於黃土。
接下來是第二類，特大天災。主要是地震和洪水，比如唐山地震、汶川地震、黃河決堤等，自然是有很多建築被埋了，沒有辦法。
然後是第三類，[故意]埋在地下。 @羅一覺 的回答里舉了幾個例子。我再舉幾個。比如故宮的地下，就發現了明代故宮的地基等，這就是清代的故宮建在了明代的故宮地基之上，[故意]把它埋地下了。再比如修建三峽水庫的時候，上游淹沒了很多房子等建築，這也屬於[故意]掩埋。
綜合來看，無論是哪一類，關鍵是有沒有人打理。
先問是不是，再問為什麼。
山丘上的雅典衛城對提問者的視而不見表示安格瑞。
所以為什麼有的古代建築在地下，而有一些在山上呢？
廢話，因為古人把一些建築修在山上了。
但還有一些建築，則註定要在時光里留下烙印。
儘管沒有人去刻意的埋藏，但這個世界上有遠遠比人力更宏偉的地質力——沉積作用。
在大山面前，山前的平原是河流流出峽谷後卸載泥沙的場合——因為有相對高差。
斷陷盆地接收山區沉積物示意圖
前陸盆地接受山區沉積物示意圖 在河堤面前，兩岸的沖積平原是洪水泛濫後沉澱泥沙的場合——還是因為相對高差。
在火山面前，山下的隨便什麼地方都是堆積火山熔岩或火山碎屑岩的場合——仍然是因為相對高差。
Herculaneum地下古城與地上新城相映成趣
Herculaneum與龐培古城同日死亡 這些「適合堆積沉積物/火山碎屑物」的地方，地質力正在記錄人類的歷史。
至於保留房屋古迹什麼的，那只是它「宏大計劃」的一個副產物，不值一提。
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事實就是長時間的「積灰」，地理上上叫做堆積作用（或沉積作用，deposition），沙土塵埃日積月累，把遺迹埋藏在了地下。
（相同問題在http://archaeology.com中出現過，以下是考古學家的回答：）
建築一旦暴露在自然中中，即便只有破碎的窗戶或屋頂上的洞，天氣，動物和人類都會導致建築物崩塌並填滿灰塵。
考古學家研究的文物和建築經常被遺棄數百年甚至數千年。在此期間，它們會被腐蝕，被覆蓋。風帶來灰塵覆蓋遺骸。有時洪水會帶來淤泥和泥土。今天的羅馬市中心比凱撒的羅馬高出許多米，部分原因是當台伯河被洪水淹沒時，即便有人居住在這座城市內，淤泥仍然會堆積起來。此外，這個地區在歷史上曾多次被遺棄。最後還有一個重要的原因是，羅馬在過去2500年內，沒有每天或每周對街道進行清理。因此，即使人們住在那裡，一個城市的某些部分也可以慢慢被埋葬。除此之外，還有一些更具戲劇性的情況，在某些災難的時候，遺址可能會相對較快地被埋葬。例如在維蘇威火山噴發期間，龐貝和赫庫蘭尼姆被灰燼和火山灰覆蓋。當考古學家到達現場時，遺址被一到四十英尺的泥土和碎片所覆蓋。Ask the Experts: AIA Archaeology FAQ
堆積作用是改變地貌的幾種機制之一（其他的有地殼板塊變化、風和水的侵蝕等）。它指的是岩石受侵蝕後的產物（泥沙塵土）在外力的搬運途中逐漸沉澱、堆積的過程。
例如風在搬運細沙的過程中，因風速減小或遇到障礙物等，沙子等顆粒就沉積下來，形成沙丘、沙壟等風積地貌。
因此，就像上文所說的那樣，在現代社會以前，就算城市內有人居住，若是沒有定期的打理，地面也會因為堆積作用不斷上升。
大家可能覺得有點反常識。這是因為瀝青發明以前，很多城市是不鋪路的，人走得多了就成了路。地面和野外其實沒啥區別。如下圖《愛國者》中獨立戰爭前的查爾斯頓
以及幾乎所有西部片裡面的小鎮
在歐洲很多歷史悠久的城市如布拉格和雅典，你能看到一部分老建築的入口是在地下，或半地下的。需要下樓梯才可以進入。
這些老建築剛剛修成的時候，門其實就是在地面。但隨著堆積作用的日積月累，路面越來越高，造成了一樓入口一半在地下的現象。
當然，如果維護得當，也有廢墟可以一直不被掩埋。比如羅馬的競技場在中世紀的時候一直有天主教人員維護。
還有一些有天時地利的遺迹，可以免於被埋沒的命運。比如吳哥窟，因為年代較晚，有良好的排水系統，導致沉積不易形成。還有馬丘比丘，在高山上，沒有河流帶來的沉積物。
河邊的被河水帶來的淤泥，泥沙掩埋。陸上的被風沙掩埋，過程比較緩慢沒人注意而已。就比如一個房子，被燒得只剩下地基，過幾年沒人管就爬滿了野草，再過一段時間附近泥土慢慢堆過來，風沙之類的，基本就很難被人發現了。
有朋友提到黃泛區，的確是因為淤泥導致深埋，開封宋城都掩到城牆頂了。還有一些其實並不深，安陽一些商墓葬就在玉米地下三十公分，這和農民耕地翻土有關係。每個地方情況都不同。
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