是否存在一種基本「物質」，宇宙中所有東西都是由其通過各種方式組合而成？

在點粒子理論之外，還有一種超弦理論（或進階版叫M理論），認為所有基本粒子都是時空中震蕩著的弦。弦有開弦和閉弦，開弦就像一段圓弧，閉弦就是一個圓，這些弦有不同的震蕩頻率，表現為不同的基本粒子。超弦理論能夠解釋很多問題，但目前尚無實驗條件去證實。超弦理論要求宇宙是11維時空。

基本粒子不能只有一種，同一種東西組合不出來花樣~

如果人類未來科技變成神級科技了，或許可以考慮這個問題，如果人類研究透徹宇宙的真理，知道了宇宙的底層語言，或是規則，或是信息，那麼人類可以憑空造物，可以修改物質屬性，就和編程的概念一樣。

舉個例子，物質的質量「信息」或者說「屬性」是由希格斯波色子場賦予的，那麼其他的屬性呢？如果掌握了任意改變宇宙律的機器，那麼人類就可以自豪的說，宇宙的基本構成是0和1，人類可以把宇宙當成電腦，任意的修改，成為完全的創世神

為什麼好多問題最後歸結，都是有神么？或者成為神？

我倒想聽題主深層次解讀一下什麼是神？

這種物質既存在又不存在。

比如元素周期表裡的氫元素。理論上它的原子單位是一。而且具備完整的電子和原子核。

其他的所有元素都是按照同一結構（電子+原子核）和氫元素的倍數構成的。這樣我們可以推論氫元素符合你說的是所有元素的基礎。其他元素都是按照各種排列組合構成的。

但是從量子角度可能又不是了。因為量子的弦又各有不同。