元朝滅亡後蒙古帝國哪裡去了，清朝時期的準噶爾是蒙古帝國的後裔嗎？

這個問題是這樣的，首先我們需要明確一個概念，明軍攻佔大都時並沒有抓住元順帝，而是讓其北逃至上都、應昌，其後子嗣後裔均繼續繼承蒙古大汗的位子，在漠北、河套等地繼續著蒙古帝國的威儀，故北遷後的元朝（史稱其為「北元」）與明朝是長期並存的，國外有相當學者將他們的關係比喻為新的南北朝。而北元政權直到林丹汗去世、其子額哲將傳國玉璽進獻給清太宗皇太極時，方可認為其正式滅亡。

題目中第二個問題概念也是明確的，大蒙古國及元王朝的皇室都必須是出自成吉思汗的子孫，其承襲帝王的家族先後出自窩闊台家族和拖雷家族，元朝建立後，後者成為所謂「黃金家族」的主支、正宗。而清朝時期強盛一時的準噶爾汗國其實與蒙元帝國皇室無絲毫傳承關係，準噶爾汗國的統治者出自元代的斡亦剌惕部中的綽羅斯家族，其部落首領忽都和別乞因不戰而降、並作為嚮導幫助朮赤的軍隊順利征服「林木中百姓」的其它部落，而贏得了成吉思汗的歡心，封為千戶官，並賜之以自己的女兒為妻。

到了元末明初，斡亦剌惕部因僻處西北，而沒有遭到元末農民大起義的影響，人畜興旺，此時已經繁衍分化為準噶爾部、土爾扈特部、杜爾伯特部、輝特部等，自稱為衛拉特，而被明朝稱之為瓦剌。（注意：後來的衛拉特四部中，唯有和碩特部與其它三部不同源。和碩特部出自成吉思汗二弟哈撒兒後裔，故他們是衛拉特部貴族中唯一具有黃金家族血統的一支）。

在瓦剌諸部中，綽羅斯家族由於連續出現了孛罕、猛可帖木兒、馬哈木、太平、把禿孛羅、脫歡、也先等傑出首領，而成為事實上的瓦剌諸部聯盟的盟主。在也先擅自廢殺出自黃金家族的脫脫不花大汗、自立為汗失敗後，綽羅斯家族有過一段衰落期。在明末時期又再次復興，哈喇忽刺、巴圖爾琿台吉、僧格、·噶爾丹、策妄阿拉布坦先後成為雄居一時的中亞霸主，到了噶爾丹策零時期，準噶爾汗國趨於極盛。。。。

哈薩克電影中的噶爾丹策零的形象

元朝皇帝支系後裔，形成了後來的韃靼，至達延汗，俺答汗時期是巔峰，至林丹汗亡於後金，多爾袞消滅了他。

韃靼六個萬戶，核心就是察哈爾萬戶，是達延汗長子後裔

還有個旁系叫瓦剌，起源很早，成吉思汗時候就有了，和元朝宗室時代聯姻，也先太師時候俘虜了明英宗，是巔峰。

瓦剌有四個萬戶，準噶爾是其中之一，是也先那一部。

元朝被朱元璋推翻時，被大明王朝日後追尊為元順帝的哪位元蒙帝國的最後一位皇帝，帶著身旁能帶走的人，逃回蒙古草原上了去。自打那，他們又在自己的祖籍地上，繼續上演繹了一番以元朝為名的複雜激烈的演義後傳。至於原來在那龐大版圖上的各個蒙古汗國之間，本來就不存在過任何實質上的統一。除了名義上，元蒙帝國是其他蒙古汗國的宗主國之外，與其相互之間的那些薄弱細微的關係，早已忽略不計了。直到了清王朝登場後，元蒙帝國在中國版圖上，已經徹底消失。又重新分解成散布在蒙古草原上的各個部落。最終分裂為外蒙古的蒙古國和中華人民共和國的內蒙古。至於准格爾，那是在蒙古草原上殘存的，早無實際意義的所謂元朝內部爭鬥的後期產物。如果說與元朝已經沒有關係了，也應該是沒錯的。但他們仍然是蒙古各部落中的一個部落。